Il lunghissimo abbandono unito all’utilizzo improprio e incompatibile aveva ridotto la Chiesa in pessimo stato di conservazione con numerose porzioni prossime al crollo. Le coperture della grande navata avevano cedimenti impressionanti e deformazioni di decine di centimetri, quelle degli ambienti laterali erano parzialmente crollate.
Le murature erano invase fino a 5-6 metri dall’umidità di risalita, altre erano oggetto di cedimenti per inesistenza del masso fondale, mancavano le finestre e la pioggia dilavava da anni tutte le superfici decorate interne e l’acqua alta allagava le pavimentazioni più di una decina di volte l’anno. Ancora i carichi incongrui trasmessi dalle scaffalature dei depositi avevano prodotto sensibili cedimenti delle pavimentazioni e rotture generalizzate del rivestimento.

Studi e analisi
Sulla base di accurati rilievi metrici topografici e tramite fotopiani, che si sono realizzati in una prima fase,  si sono avviate analisi degli intonaci e delle finiture; per la loro caratterizzazione è stata condotta un’attenta mappatura del degrado e dei materiali anche con l’aiuto di moltissime analisi chimico-fisiche e petrografiche di elementi lapidei, pellicole pittoriche o musive e intonaci.

Caratteristiche del progetto e dell’intervento
Il progetto è stato caratterizzato dalla volontà di adattare alla particolare fabbrica una funzione complessa come la sala riunioni, la sala esposizioni, gli uffici e gli spazi tecnici di servizio; particolarmente difficili erano le “presenze” dei grandi altari laterali e di quello principale che condizionavano molte soluzioni. Sotto il profilo tecnico è stata messa in sicurezza, consolidata e bonificata tutta la struttura dalle capriate alle fondazioni. Si sono affrontati risolti problemi difficilissimi quali quello della facciata in pietra che ruotava all’esterno ed era prossima al crollo, quello delle capriate che erano collassate agli appoggi, svergolate e fortemente inflesse, quello dell’umidità, ecc.  successivamente al restauro strutturale sono poi stati realizzati gli impianti e quindi il complesso lavoro di restauro delle superfici.

Interventi Tecnici:
Tra i moltissimi interventi è da ricordare il taglio delle murature dei corpi laterali  con parziale ricostruzione perché invase dall’umidità salina, la creazione di particolari vespai e vasche contro l’acqua alta e il consolidamento della facciata principale in pietra che è stata agganciata al nucleo murario retrostante bloccandola nella sua deformazione che era di oltre 25 centimetri. Ancora particolarmente impegnativi sono stati gli interventi sulle grandissime capriate dell’aula che hanno dovuto essere sollevate per intervenire con il rifacimento dei nodi e gli interventi sulla rete fognante allagata costantemente dall’acqua di marea.  Hanno completato le opere complesse fasi di restauro delle superfici cromatiche su legno e su intonaco l’inserimento dei paricolari nuovi impianti tecnologici.